回到北京后，威แ妥玛继续坚持优待公使、扩大各口通商特权、云南边贸、整顿商务等条件。对这些条件，总理衙门不可能完全接受，所以谈判时断时续进行了好几个ฐ月。当然，在威妥玛的威逼下，中方步步退让。年月，李瀚章、薛焕的查办结论终于出炉，奏报到京。按照他们的说法，杀死马嘉理和阻止柏郎的都是当地的“野人”。对此结论，威妥玛的反应非常强烈，认为“直同儿戏”，要求“岑毓英以及各官各犯，必须提京审讯；李瀚章、薛焕查办不实，亦应一并处分”。威氏同时声称：“中国如不照办，是国家愿自任其咎，自取大祸。”这时，清政府准备在增开口岸及整顿商务等方面满足英国的要求，但坚拒将岑毓英等提交审讯。月1日，恭亲王奕与几个总理衙门大臣访问威妥玛，威氏再次要求将岑毓英等多名中国官员提到เ京城重审。奕立即声明此事万难办到，案件已在云南审理结束，而且1日上谕已经宣示岑毓英因母丧丁忧去官。对于总理衙门的这种态度，威妥玛其实已经料到，所以在月日，他总括英国的要求列为八条。他告诉总理衙门，如果中方接受这八条，可以不重新提审岑毓英等中ณ国官员，并电告英国政府除赔款外，“马嘉理案”已经结束。如果这八条被拒，他则坚持要求提岑等人到京审讯。如连此点也不答应，英国将从中国撤回使馆人员，要求巨额赔款，并占据部分中国领土作为担保。很明显，威妥玛知道清政府肯定不会同意将岑毓英等高官提京重审，实际是将此条作为讹诈清政府同意其他种种要求的武器。这八条要求是一年多以来，英方对于“马嘉理案”本身及英国扩大在华权益种种考虑的具体化。
李、威会谈后，威妥玛一方แ面坚持离津南下上海，另一方面却又要求清政府正式委派全权大臣与他谈判，为“和谈”留下余地。威氏不久ื到烟台避暑，又通过赫德指名要李鸿章作为清政府全权代表到烟台与他谈判。在英方的威แ逼下，清政府于年月8日命令李鸿章到烟台与威แ妥玛会谈，李鸿章正式负责解决此事。李鸿章认为此事应迅了结，因为拖得越久，越易节外生枝，英方要价越高，而将岑毓英等提京审讯是威妥玛借以要挟的主要手段，因此主ว张提岑毓英来京与威妥玛面质。但总理衙门认为ฦ“此举有碍中国体制，中国决不能允”，而其他方แ面均可让步。其实，这一年多的种种背景，已大体决定了谈判ศ的结局，李鸿章也自知难有作为ฦ，所以大有进退两难之感。他在给沈葆桢的信中ณ说英国可以对中国朝廷随意提要求，而他却不能随意对待他们，因为“稍不如愿，恐兵端随其后；若使其如愿，天下之恶皆归焉”。也就是说，如果不遂英方之ใ愿，双方就可能ม开仗；如果满足英方要求，自己就要承担“天下之恶”的罪名。在给总理衙门的信中，他表示ิ原来希望能另派大员前往谈判，“今既奉旨专派，虽蹈汤火，岂敢固辞”，但他又大吐苦水：“将来筹办有未周到เ，不求局外原谅，不顾ุ事后讥弹，幸同共济者尚能ม鉴其苦衷耳！”很明显，他深知谈判结果必定是屈服，会遭到เ国人痛责，他谨希望总理衙门和朝廷能体谅他的苦衷。另一方面，他这也是提醒总理衙门，谈判结局也有你们一份，责任要由大家共负。
此案生后，英国外相立即训令驻华公使威妥玛要求清政府作详细调查，并提醒他牢记探路队到云南的目的。年月1้9日，威妥玛正式向中国政府提出六条要求：一、中国和英印政府派员前行调查；二、英印政府可再派探路队入滇；三、赔款十五万两白银；四、中ณ英立即商定办法落实8年《天津条约》所规定的优待外国公使条款；五、免除厘金；六、解决中英间历年“悬案”。这六条的前三条与“滇案”有关，而后三条与此案根本无关，足见威妥玛欲将此作为扩大侵略中国权益的借口。
如前所述，这时正是中国的西北、东南边境受到严å重威胁的时候，因此听说马嘉理被杀，清政府大吃一惊，急忙向威妥玛表示将尽快通知云南当局进行调查。随后，上谕严令岑毓英迅确查究办此案。对于威แ妥玛的六条要求，清政府断ษ然拒绝。由于一时没有强有力的手段强迫中国就范，同时其他国家也反对英国单独扩大在华权益，威妥玛于是改变策略，集中要求实现前三条要求，并以与清政府断ษ交相威胁。在他的威逼下，清政府开始妥协，原则上同意英方的前三条要求。由于当时只有上海可与伦敦通电å报，为ฦ便于与本国政府联系同时与柏郎到沪商议，威妥玛于年月初到达上海。为表示重视，清政府则在月19๗日任命李鸿章的哥哥、湖广总督李瀚章为ฦ钦差大臣，和前总理衙门大臣薛焕一同前往云南查办。采取退让和息事宁人的方แ针，是清政府对此案的基本态度，从曾国荃给其侄曾纪泽的一封信中可以看出当时的状：“京师城里以威妥玛拂衣出京，大家恐惧状，亦颇露丑。”稍后介入此事的李鸿章采取委曲求全的态度，自不使人感到เ意外。
乾隆则表态曰：
这就是当时清政府对海ร外华人的态度。历史的裂缝在“理”与“力”之间
他先分析中国面临的国际形势：中ณ国“与各国条约已定，断难更改。江海各口门户洞开，已为我与敌人公共之ใ地。无事则同居，异心猜嫌既属难免，有警则我虞尔诈，措置更不易周”。他赞扬总理衙门的上疏将“目前当务之急与是后久远之图业经综括无遗，洵为救时要策”。但是，要将其立即付诸实施却非常困难，因为“人才之难得、经费之难筹、畛域之难化、故习之难除”都难在短期内解决，所以“今日所急惟在力破成见，以求实际而已”。紧接着他就触及问题的核心，他所要力破的“成见”是：“历代备边，多在西北，其强弱之势、客主之形皆适相埒，且犹有中ณ国界限。”而“今则东南海ร疆万余里，各国通商传教来往自如，麇集京师及各省腹地，阳托和好之ใ名，阴怀吞噬之ใ计。一国生事，诸国构煽，实为ฦ数千年来未有之变局”。列强凭借近代化坚船利ำ炮实为中国“数千年来未有之强敌”，而中国仍“犹欲以成法制ๆ之”，则如患者不论何种疾病皆以古方治之ใ，肯定不能见效。因此他认为“居今日而欲整顿海防，舍变法与用人，别无下手之ใ方แ”。所谓“变法”，主要是指变革军事制度，建立近代陆海军；“用人”主要是指改革科举制度，培养新式人才。建立近代陆海军需要巨额军费，所以在筹饷方面他主张停止进军新疆，改用招抚办法处理阿古柏叛乱，认为英、俄等国一直图谋新า疆，“揆度形，俄先蚕食，英必分其利，皆不愿中国得志于西方。而论中国目前力量，实不及专顾西域，师老财痡，尤虑别ี生他变”。在他看来，“新疆不复，于肢体之元气无伤；海疆不防，则腹心之大患愈棘”。“其停撤之饷，即匀作海防之饷。否则只此财力，既备东南万里之海ร疆，又备西北万里之饷运，有不困穷颠蹶者哉？”